据2019年10月学校官网显示，西湖大学设有生命科学学院、理学院、工学院等3个学院。
为了更好地形成学科交叉融合的学术氛围，西湖大学将分批规划设置生物学、生物医学工程、药学、物理学、数学、化学、基础医学、计算机科学与技术、电子科学与技术、光学工程、材料科学与工程、机械工程等12个一级学科，但主要还是集中在理学、生命与健康、前沿技术等3个学科门类。
国家级博士后科研工作站：西湖大学博士后科研工作站
浙江省重点实验室：浙江省3D微纳加工和表征研究重点实验室、浙江省结构生物学研究重点实验室
科研设施与公共仪器中心：生物医学实验技术中心、实验动物中心、理化公共实验平台、先进微纳加工与测试平台、超算中心
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