新疆师范大学共有13个学院，分别为法经学院、人文学院、外国语学院、教育科学学院、数理信息学院、地理科学与旅游学院、生命科学与化学学院、体育学院、音乐学院、美术学院、汉语教育学院、初等教育学院、青年政治学院。学校设有36个研究所、研究中心和研究室；国家大学生文化素质教育基地、新疆高等学校师资培训中心、新疆双语教学研究中心、大学生思想政治教育研究中心和自治区教师资格认定指导中心附设于新疆师范大学。