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方案明确，按照整体设计、试点先行、逐步推进的原则，经过三年的改革过渡期，到2017年全面完成改革，按照优化整合后的五类科技计划(专项、基金等)运行，并建成公开统一的国家科技管理平台。现有的各类科技计划(专项、基金等)经费渠道不再保留。
我国有近40个部门管理着近百个中央财政科技计划(专项、基金等)。在科技管理和项目支持上，存在“九龙治水”“天女散花”的现象。
为破除条块分割多头管理、科技资源配置重复申请、重复投入等“碎片化”问题，更好地实施创新驱动发展战略，国务院出台本方案，对中央财政科技计划管理改革作出全面部署。
方案可以概括成一句话：政府不再直接管具体项目，国家科技计划全面整合成五大类。
“本次改革针对所有实行公开竞争方式的中央财政科技计划，也就是说民口中央财政科技经费有一半以上，将纳入改革整合的范畴。”财政部教科文司司长赵路说。
科技部科研条件与财务司司长张晓原认为，本次改革倒逼政府职能转变最大的突破就是，政府各部门不再直接管理具体项目，改变过去既当运动员、又当裁判员的局面。
为此，将建立公开统一的国家科技管理平台。其中，决策层面是建立联席会议制度，由科技部门牵头，财政、发改等相关部门参加科技计划管理联席会议，共同制定议事规则，负责审议科技发展战略规划、科技计划的布局与设置、战略咨询与综合评审委员会的设立、专业机构的遴选择优等事项。
方案对科技界普遍关注的科技计划布局优化也有了明确安排——形成新的五大类科技计划(专项、基金等)布局体系。
第一、面向基础研究和科学前沿探索部署国家自然科学基金。第二、聚焦国家重大战略产品和产业化目标，部署国家科技重大专项。第三、针对事关国计民生的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学技术问题，部署国家重点研发计划。第四、发挥财政资金引导作用，安排技术创新引导专项(基金)，促进科技成果转移转化和资本化、产业化。第五、安排基地和人才专项，提升科技创新的基础能力。
大家熟悉的国家重点基础研究发展计划(“973”)、国家高技术研究发展计划(“863”)、国家科技支撑计划等纳入第三类，即国家重点研发计划。
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